Constituem-se em cursos de formação profissional continuada, com o objetivo de desenvolver conhecimentos e habilidades fundamentais para vida social em sua relação com as atividades desenvolvidas nos processos produtivos em saúde. Não necessitam de autorização para funcionamento por parte do CNE/MEC, sendo normatizados por Regulamento interno. Abaixo estão listados os cursos Fiocruz de Qualificação Profissional nos níveis:
Aperfeiçoamento , Capacitação/Cursos Livres, e Atualização.