Prêmio CAPES de Tese e o Grande Prêmio CAPES de Tese  é outorgado anualmente em reconhecimento às melhores teses de doutorado aprovadas nos cursos de pós-graduação adimplentes e reconhecidos no Sistema Nacional de Pós-Graduação em cada uma das 49 áreas do conhecimento. Os critérios de premiação consideram a originalidade do trabalho; sua relevância para o desenvolvimento científico, tecnológico, cultural, social e de inovação; o valor agregado pelo sistema educacional ao candidato. Duas teses em cada uma das áreas também poderão ser agraciadas com Menção Honrosa. Confira as teses Fiocruz premiadas.

O Prêmio visa distinguir teses de elevado valor para o avanço do campo da saúde em diversas áreas temáticas de atuação institucional.