A pesquisa em biodiversidade é historicamente uma das grandes linhas de estudo desenvolvidas no Instituto Oswaldo Cruz. A primeira publicação de Oswaldo Cruz, em 1901, na revista Brazil-Medico, descrevia o Anopheles lutzi em sua "Contribuição para o estudo dos culicídeos do Rio de Janeiro". Este marco inaugurou o estudo da entomologia médica brasileira. Pesquisadores como Arthur Neiva, Carlos Chagas e Antônio Periassú firmaram a seguir os alicerces de uma escola de entomologistas e acarologistas que abriu espaço para estudos zoológicos e em outras áreas como protozoologia, helmintologia, malacologia e microbiologia, até hoje bem estruturadas no Instituto.
A relação entre biodiversidade, saúde e ambiente tem sido tradicionalmente descrita na saúde pública a partir de três vertentes. A vertente da biodiversidade aborda a taxonomia e sistemática focada no amplo conhecimento da diversidade neotropical. A vertente biomédica, originada na parasitologia clássica, envolve a relação agente-hospedeiro das doenças infectocontagiosas. A terceira vertente é oriunda do saneamento e aborda a problemática ambiental a partir da engenharia ambiental, com a preocupação no desenvolvimento de infraestrutura de água, esgoto e lixo, importante fatores que quando ausentes ou precários contribuem para o adoecimento e óbitos na população e perda dos serviços ecossistêmicos fornecidos pelos ambientes naturais.
No Brasil, o crescente desenvolvimento social e econômico vem causando danos ambientais notórios. A interrupção ou minimização desse processo é urgente e fundamental. Ações estratégicas nesse sentido não podem ser feitas sem o conhecimento de nossa biodiversidade, que é o ponto de partida para toda e qualquer iniciativa e deve ser encarado não só como uma premissa ética, mas também como uma necessidade essencial para o bem estar nacional. A redução ou perda da biodiversidade provoca diversos efeitos em cascata na regulação das populações naturais e de processos ecológicos que levam a um aumento do risco de transmissão e de emergência de doenças infecciosas e parasitárias em humanos. Os processos de emergência de novas doenças ou recrudescimento de outras já controladas estão em grande parte relacionados a alterações na paisagem, decorrentes de intervenções humanas ou mesmo de processos naturais. A Fiocruz em sua história centenária já vinha atuando nessas vertentes, tanto nas atividades de pesquisa e ensino como na de conservação da biodiversidade natural através de seus acervos e coleções científicas. No entanto, a contemporaneidade vem exigindo maior especificidade para o tema biodiversidade e as interfaces de suas relações. O Programa de Biodiversidade do Instituto Oswaldo Cruz foi proposto com o objetivo de congregar linhas de pesquisa direcionadas à taxonomia, sistemática, ecologia e evolução de parasitos, vetores e reservatórios incluindo o campo da saúde ambiental. Na última avaliação da Capes o Programa recebeu o conceito 5.
