O Curso de Pós-Graduação em Patologia (PGPAT) foi implantado na Universidade Federal da Bahia (UFBA) em 1972 como Mestrado em Patologia Humana, sendo complementado com Doutorado em 1989. O sucesso do curso pode ser atribuído ao fato de ter sido implantado por um grupo de excelência em Patologia que atuava no Serviço de Anatomia Patológica do Hospital Universitário Professor Edgard Santos (UFBA). A Escola de Patologia da Bahia teve neste curso de pós-graduação um importante papel na formação de patologistas voltados para as áreas de pesquisa e ensino. Desde a sua primeira avaliação pela CAPES o curso obteve conceito “A”. Com a nova sistemática de avaliação, o curso está com conceito 6.
O PGPAT é sediado no Instituto Gonçalo Moniz (IGM) uma das mais produtivas unidades da Fundação Oswaldo Cruz. O curso mantém também sua forte vinculação com a UFBA. Dessa forma, o PGPAT se constitui em um importante núcleo de produção científica e formação de pesquisadores. Muitos de seus alunos tornaram-se atores da expansão do IGM, contribuindo para sua dimensão atual. Professores de Patologia e pesquisadores formados neste curso estão hoje espalhados por várias Universidades e Institutos de Pesquisa do país.