Título do curso: Modelagem molecular baseada em restrigoes de distancia geradas utilizando a estrategia de cross-linking e espectrometria de massa
Objetivo Geral
O objetivo do curso e capacitar o aluno na utilizagao de programas de computador utilizados para a) arialise crflica de restrigoes de distancia geradas por cross-linking e espectrometria de massas ( XL-MS), b) modelagem molecular guiada por dados de XL-MS
Objetivos Educacionais/Aprendizagem
Espera-se que ao final do curso o aluno esteja habilitado a: 1) Utilizar as ferramentas de Bioinformatica listadas acima para analisar criticamente./validar os resultados de restrigoes de distancia gerados por XL-MS: 2) Utilizar estas informagoes para gerar modelos de estrutura proteica que sejam compativeis com evidencias empiricas
Metodologia
O treinamento leorico-pratico proposto envolvera os seguintes topicos:
1 ) Familiar zagao com o site do PROTEIN DATA BANK (PDB)(https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do), 2) Utilizagao do software VISUAL
MOLECULAR DYNAMICS (VMD) para visualizagao e analise de estruturas proteicas (http://www.ks.uiuc.edu/Researcli/vmd), 3) Utilizagao
do software TOPOUNK (http://leandro.iqm.unicamp.br) para validagao de restrigoes de distancia de XL-MS; 4) Utilizagao do pacote computacional ROSETTA (https://www.rosettacommons.org/software) para modelagem molecular.
Avaliação
A avaliagao sera realizada atraves de seminario a ser apresentado aos membros do Laboratorio de Toxinologia
Nível de escolaridade concluído/exigido: Doutorado concluído em Bioquimica.
É OBRIGATÓRIO o preenchimento das informações e envio dos documentos comprobatórios.
Objetivo Geral
O objetivo do curso e capacitar o aluno na utilizagao de programas de computador utilizados para a) arialise crflica de restrigoes de distancia geradas por cross-linking e espectrometria de massas ( XL-MS), b) modelagem molecular guiada por dados de XL-MS
Objetivos Educacionais/Aprendizagem
Espera-se que ao final do curso o aluno esteja habilitado a: 1) Utilizar as ferramentas de Bioinformatica listadas acima para analisar criticamente./validar os resultados de restrigoes de distancia gerados por XL-MS: 2) Utilizar estas informagoes para gerar modelos de estrutura proteica que sejam compativeis com evidencias empiricas
Metodologia
O treinamento leorico-pratico proposto envolvera os seguintes topicos:
1 ) Familiar zagao com o site do PROTEIN DATA BANK (PDB)(https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do), 2) Utilizagao do software VISUAL
MOLECULAR DYNAMICS (VMD) para visualizagao e analise de estruturas proteicas (http://www.ks.uiuc.edu/Researcli/vmd), 3) Utilizagao
do software TOPOUNK (http://leandro.iqm.unicamp.br) para validagao de restrigoes de distancia de XL-MS; 4) Utilizagao do pacote computacional ROSETTA (https://www.rosettacommons.org/software) para modelagem molecular.
Avaliação
A avaliagao sera realizada atraves de seminario a ser apresentado aos membros do Laboratorio de Toxinologia
Nível de escolaridade concluído/exigido: Doutorado concluído em Bioquimica.
É OBRIGATÓRIO o preenchimento das informações e envio dos documentos comprobatórios.