Ementa/Objetivos
Ementa:
Histórico da ferramenta Stingray; Introdução aos conceitos de pipeline e workflow; Introdução à ferramenta Galaxy; Stingray@Galaxy; Como acessar o ambiente (interface e suas separações, ferramentas com suas localizações); Desenho do Workflow; Execução do Workflow; Aquisição de dados. Administração do History; Uso pelos laboratórios; Criação de grupos, regras (roles) do laboratório (admin e users); Criação dos usuários; Permissões; Quota por usuário; Genoma: conceitos e datasets; Inserção dos dados NGS e pré-processamento; Execução de um preditor de genes (Glimmer3); Execução do BLAST/DIAMOND; Utilização do Artemis para anotação (geração de arquivos Artemis, visualização); Utilização do Prodigal (Microbial Gene Prediction).
Objetivos:
Histórico da ferramenta Stingray; Introdução aos conceitos de pipeline e workflow; Introdução à ferramenta Galaxy; Stingray@Galaxy; Como acessar o ambiente (interface e suas separações, ferramentas com suas localizações); Desenho do Workflow; Execução do Workflow; Aquisição de dados. Administração do History; Uso pelos laboratórios; Criação de grupos, regras (roles) do laboratório (admin e users); Criação dos usuários; Permissões; Quota por usuário; Genoma: conceitos e datasets; Inserção dos dados NGS e pré-processamento; Execução de um preditor de genes (Glimmer3); Execução do BLAST/DIAMOND; Utilização do Artemis para anotação (geração de arquivos Artemis, visualização); Utilização do Prodigal (Microbial Gene Prediction).
Objetivos:
- Atualizar os estudantes e profissionais de saúde na área da Bioinformática.
- Apresentar os conceitos iniciais de análise de sequencias genômicas, usando diferentes ferramentas de bioinformática.