Com sessões teóricas e práticas o curso está organizado em módulos, sendo a parte prática realizada concomitantemente às sessões teóricas visando à relação entre o ensino e os serviços. Os módulos foram elaborados para possibilitar a compreensão dos princípios básicos da Vigilância Epidemiológica, da organização do Sistema de Vigilância e dos principais fatores de mudança nos padrões epidemiológicos e demográficos brasileiro, favorecendo a compreensão, por parte do aluno, da necessidade de trabalhar a vigilância de maneira mais abrangente, tendo como referencial os grupos populacionais e as situações de saúde do território. Os módulos objetivam também um domínio das ferramentas básicas de construção dos principais indicadores utilizados em epidemiologia.
Capacitar trabalhadores de Nível Médio do SUS para o desempenho de atividades na área de Vigilância Epidemiológica; reconstruir os conhecimentos dos alunos na área a partir da análise do processo de trabalho nas unidades de Saúde; possibilitar ao aluno a reflexão sobre os diferentes modelos de atenção, destacando a Vigilância à Saúde como uma prática interdisciplinar e intersetorial, como base na abordagem território/população.
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